8-900-374-94-44
[email protected]
Slide Image
Меню
22.05.2023| alexxlab| Нет комментариев

Sam prog: Что такое sam-prog.exe ? | System Explorer

Что такое SAM-PROG.exe? SAM-PROG.exe информация

Предыдущий

Далее

Что такое SAM-PROG.exe?

SAM-PROG.exe известен как приложение AT91SAMPROG и разработан неизвестным . Мы видели около 3 разных экземпляров SAM-PROG.exe в разных местах. До сих пор мы не видели никаких предупреждений об этом продукте. Если вы считаете, что в этом продукте есть вирус или вредоносное ПО, оставьте свой отзыв внизу.

SAM-PROG.exe


Что-то не так с SAM-PROG.exe?

SAM-PROG.exe использует слишком много ресурсов ЦП или памяти? Вероятно, ваш файл был заражен вирусом. Давайте попробуем программу под названием DriverIdentifier, чтобы увидеть, поможет ли она.

Как удалить SAM-PROG.exe

Если у вас возникли трудности с SAM-PROG. exe, вы можете удалить соответствующую программу (Пуск > Панель управления > Установка и удаление программ 9).0005

Что вы можете сделать, чтобы исправить SAM-PROG.exe?

Попробуйте запустить сканирование системы с помощью Speed ​​​​Up My PC, чтобы увидеть ошибки, а затем вы можете выполнить другие действия по устранению неполадок.
Если вы считаете, что проблема связана с драйвером, попробуйте DriverDouble.com

Где мы видим SAM-PROG.exe?

Вот список экземпляров, которые мы видим для процесса: SAM-PROG.exe

  Путь Название продукта Поставщик Версия Размер МД5
1 C:\Program Files\ATMEL Corporation\AT91-ISP v1. 12\SAM-PROG v2.4\SAM-PROG.exe Приложение AT91SAMPROG 2, 4, 0, 0 7475 Б7ЭФ48А086БД0К481948ЭКАФФ33К18Б6
2 C:\Program Files (x86)\ATMEL Corporation\AT91-ISP v1.13\SAM-PROG v2.4\SAM-PROG.exe Приложение AT91SAMPROG 2, 4, 0, 0 7475 БК11Ф135ФБ3БА013Д985БД7401КБ152Д
3 D:\Program Files (x86)\ATMEL Corporation\AT91-ISP v1.13\SAM-PROG v2.4\SAM-PROG.exe Приложение AT91SAMPROG 2, 4, 0, 0 7475 БК11Ф135ФБ3БА013Д985БД7401КБ152Д
           
 

————————————————— ————————————————— ————————————————— ——-
По ISA 2018-11-16 21:32:27 ПРИВЕТ_ПОЖАЛУЙСТА, ОТПРАВЬТЕ МНЕ SAM-PROG 2. 4
МНЕ НУЖНО ДЛЯ АКТИВАЦИИ J-LINK V8
БОЛЬШОЕ СПАСИБО

 

Поделитесь своим отзывом об этом процессе или попросите о помощи


minimap2 — документация alignparse 0.6.0

Запускает выравниватель minimap2. minimap2 должна быть версии 2.17 или выше.

Класс AlignParse.minimap2.mapper ( опции , * , Prog = ‘Minimap2’ , Min_version = ‘2.17’ , , Min_version = ‘2.17’ , cheard_cs = true
, , , ).

Базы: Объект

Запустить миникарту2.

Параметры

  • параметры ( кортеж или список ) – Параметры командной строки для minimap2 . Например, см. OPTIONS_CODON_DMS или OPTIONS_VIRUS_W_DEL .

  • prog ( str ) — Путь к исполняемому файлу minimap2 .

  • min_version ( str ) — Минимальная версия minimap2 . Mapper имеет только был протестирован с версиями >= 2.17.

  • check_cs ( bool ) — Проверить, что options включает --cs для вывода короткого тега

    cs .

  • keep_tags ( Нет или список ) — Сохраняйте эти теги в последовательностях запросов в выходных выравниваниях.

опции

Опции для миникарты 2 .

Тип

список

программа

Путь к исполняемому файлу minimap2 .

Тип

стр

версия

Версия minimap2 .

Тип

стр

сохранить_теги

Список тегов, которые необходимо сохранить.

Тип

Нет или список

Примечание

Если установлено

continue_tags , то Mapper.map_to_sam() ищет теги в заголовках запросов FASTQ, таких как теги np` здесь:

 @m54228_181120_212724/4194377/ccs np:i:45

и сохраняет их в выходных данных выравнивания samfile . Такие теги присутствуют в файлах FASTQ, созданных PacBio ccs версии 4.0. Для приведенный выше заголовок, вы должны использовать continue_tags=[‘np’] .

Примеры

Сначала создайте цель примера игрушки и файл запроса:

 >>> tempdir = tempfile.TemporaryDirectory()
>>> targetfile = os.path.join(tempdir.name, 'targets.fasta')
>>> queryfile = os.path.join(tempdir.name, 'queries.fastq')
>>> с open(targetfile, 'w') как f:
... _ = f.write(textwrap.dedent('''
... >последовательность ссылок
... ATGCAANNNGATGCATAGTATTAGCATAAATAGGATAGCCATAAGGTTACTGCATAAGGGTAT
.
 
 
 ..         ''').полоска())
>>> с open(queryfile, 'w') как f:
... _ = f.write(textwrap.dedent('''
... @m54228_181120_212724/4194376/ccs np:i:127
... ATGCAAAATGATGCATAGTATTAGCATAAATAGGATAGCCATAAGGTTACTGCATAAGAGTAT
... +
... ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~~~~~~~
...         ''').полоска())

Теперь сопоставьте , а не , сохраняя теги из FASTQ (это поведение по умолчанию):

 >>> samfile = os.path.join(tempdir.name, 'alignments.sam')
>>> Mapper = Mapper (OPTIONS_CODON_DMS)
>>> mapper.map_to_sam(целевой файл, файл запроса, файл sam)
>>> для a в pysam.AlignmentFile(samfile):
... tag_names = [tup[0] для tup в a.get_tags()]
... печать (a.tostring())
м54228_181120_212724/4194376/ccs 0 ссылка 1 1 63M * 0 0
ATGCAAAATGATGCATAGTATTAGCATAAATAGGATAGCCATAAGGTTACTGCATAAGAGTAT
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~~~~~
NM:i:4 мс:i:111 AS:i:111 nn:i:3 tp:A:P cm:i:7 s1:i:41 s2:i:0 de:f:0,0167
cs:Z::6*na*na*nt:49*ga:4 rl:i:0
>
 >> print(теги_имена)
['NM', 'ms', 'AS', 'nn', 'tp', 'cm', 's1', 's2', 'de', 'cs', 'rl']

Теперь карта с тегом np в FASTQ:

 >>> samfile_tags = os. path.join(tempdir.name, 'alignments_tags.sam')
>>> mapper_tags = Mapper (OPTIONS_CODON_DMS, continue_tags = ['np'])
>>> mapper_tags.map_to_sam(целевой файл, файл запроса, samfile_tags)
>>> для a в pysam.AlignmentFile(samfile_tags):
... tag_names = [tup[0] для tup в a.get_tags()]
... печать (a.tostring())
м54228_181120_212724/4194376/ccs 0 ссылка 1 1 63M * 0 0
ATGCAAAATGATGCATAGTATTAGCATAAATAGGATAGCCATAAGGTTACTGCATAAGAGTAT
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~~~~~
NM:i:4 мс:i:111 AS:i:111 nn:i:3 tp:A:P cm:i:7 s1:i:41 s2:i:0 de:f:0,0167
cs:Z::6*na*na*nt:49*ga:4 rl:i:0 np:i:127
>>> print(теги_имена)
['NM', 'ms', 'AS', 'nn', 'tp', 'cm', 's1', 's2', 'de', 'cs', 'rl', 'np']

Удалить временный каталог, например:

 >>> tempdir.cleanup()
map_to_sam ( targetfile , queryfile , samfile ) [источник]

Сопоставьте последовательности запросов с целевыми объектами и выведите файл SAM.

Параметры

  • targetfile ( str ) – Цели выравнивания (ссылка), обычно FASTA (можно архивировать).

  • queryfile ( str ) — запросы для выравнивания, обычно FASTA или FASTQ (можно заархивировать gzip).

  • samfile ( str ) — Имя созданного файла SAM (должен иметь суффикс .sam ).

alignparse.minimap2.OPTIONS_CODON_DMS
= (‘-A2’, ‘-B4’, ‘-O12’, ‘-E2’, ‘—end-bonus=13’, ‘—secondary=no’, ‘—cs ‘)

minimap2 опции для кодон-мутантных библиотек.

Примечание

Эти варианты хорошо подходят для последовательностей, которые, как ожидается, будут иметь мутации на уровне кодонов. (3 нуклеотида подряд) и не ожидается большого количества вставок.

Опции имеют следующее значение/обоснование:

  • -A2 : счет за матч

  • -B4 : штраф за несоответствие

  • -O12 : штраф за открытие гэпа (высокий, потому что ожидается мало вставок)

  • -E2 : штраф за расширение пробела

  • --end-bonus=13 : предпочесть мутацию кодона вместо разрыва на концах.

  • --secondary=no : не выводить вторичные выравнивания.

  • --cs : добавить короткий тег cs ((см. https://github.com/lh4/minimap2#cs)

Тип

кортеж

alignparse.minimap2.OPTIONS_VIRUS_W_DEL = (‘-xsplice:hq’, ‘-un’, ‘-C0’, ‘—splice-flank=no’, ‘-M=1’, ‘—end-seed-pen =2’, ‘—end-bonus=2’, ‘—secondary=no’, ‘—cs’)

minimap2 варианты вирусных генов.

Примечание

Эти варианты хорошо подходят для последовательностей, которые, как ожидается, будут иметь нуклеотидные мутации. и длинные внутренние делеции. Он обрабатывает длинные удаления, имея minimap2 относитесь к ним как к интронам. Это означает, что на выходе должны быть интроны. анализируются как удаления.

Параметры имеют следующее значение/обоснование:

2019 © Все права защищены.

Карта сайта